MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_2

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017320	CAGC	2	8	111	118	25 %	0 %	25 %	50 %	384541570
2	NC_017320	GCG	2	6	143	148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541570
3	NC_017320	GAC	2	6	169	174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541570
4	NC_017320	AGA	2	6	179	184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
5	NC_017320	TGG	2	6	194	199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541570
6	NC_017320	GAA	2	6	207	212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
7	NC_017320	TGA	2	6	257	262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541570
8	NC_017320	ACAA	2	8	384	391	75 %	0 %	0 %	25 %	384541570
9	NC_017320	AAC	2	6	398	403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541570
10	NC_017320	CAG	2	6	429	434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
11	NC_017320	AGC	2	6	544	549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
12	NC_017320	AGC	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
13	NC_017320	CAG	2	6	597	602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
14	NC_017320	AAGC	2	8	606	613	50 %	0 %	25 %	25 %	384541571
15	NC_017320	CA	3	6	642	647	50 %	0 %	0 %	50 %	384541571
16	NC_017320	GAT	2	6	662	667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541571
17	NC_017320	CTGG	2	8	751	758	0 %	25 %	50 %	25 %	384541572
18	NC_017320	TACGC	2	10	918	927	20 %	20 %	20 %	40 %	384541572
19	NC_017320	GCC	2	6	1025	1030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541572
20	NC_017320	AAT	2	6	1235	1240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541572
21	NC_017320	TATC	2	8	1524	1531	25 %	50 %	0 %	25 %	384541573
22	NC_017320	TTA	2	6	1552	1557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
23	NC_017320	T	6	6	1564	1569	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
24	NC_017320	CTTTT	2	10	1570	1579	0 %	80 %	0 %	20 %	384541573
25	NC_017320	ATTTTT	2	12	1649	1660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384541573
26	NC_017320	T	7	7	1656	1662	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
27	NC_017320	TGT	2	6	1693	1698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
28	NC_017320	TTG	2	6	1729	1734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
29	NC_017320	ATT	2	6	1800	1805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
30	NC_017320	CAA	2	6	1819	1824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
31	NC_017320	A	7	7	1823	1829	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
32	NC_017320	TAT	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
33	NC_017320	T	7	7	1849	1855	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
34	NC_017320	TCT	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541573
35	NC_017320	TTA	2	6	1926	1931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
36	NC_017320	ACCAA	2	10	1949	1958	60 %	0 %	0 %	40 %	384541573
37	NC_017320	TGA	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
38	NC_017320	CAT	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541573
39	NC_017320	GT	3	6	2036	2041	0 %	50 %	50 %	0 %	384541573
40	NC_017320	AGA	2	6	2062	2067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541573
41	NC_017320	GTT	2	6	2071	2076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
42	NC_017320	T	6	6	2090	2095	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
43	NC_017320	ATA	2	6	2098	2103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
44	NC_017320	TCC	2	6	2151	2156	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541573
45	NC_017320	TA	3	6	2163	2168	50 %	50 %	0 %	0 %	384541573
46	NC_017320	ACC	2	6	2357	2362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541573
47	NC_017320	ATG	2	6	2374	2379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
48	NC_017320	GTT	2	6	2432	2437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
49	NC_017320	T	7	7	2450	2456	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
50	NC_017320	AATA	2	8	2516	2523	75 %	25 %	0 %	0 %	384541573
51	NC_017320	T	6	6	2535	2540	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
52	NC_017320	TAT	2	6	2552	2557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
53	NC_017320	ATG	2	6	2668	2673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
54	NC_017320	A	8	8	2677	2684	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
55	NC_017320	ATA	2	6	2716	2721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
56	NC_017320	A	7	7	2721	2727	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
57	NC_017320	CAA	2	6	2728	2733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
58	NC_017320	T	9	9	2749	2757	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
59	NC_017320	ATG	2	6	2782	2787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
60	NC_017320	GTA	2	6	2818	2823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
61	NC_017320	AT	3	6	2857	2862	50 %	50 %	0 %	0 %	384541573
62	NC_017320	TGC	2	6	2905	2910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541573
63	NC_017320	AAT	2	6	2957	2962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
64	NC_017320	TTTTAT	2	12	2978	2989	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384541573
65	NC_017320	AAT	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
66	NC_017320	AC	3	6	3489	3494	50 %	0 %	0 %	50 %	384541574
67	NC_017320	ATG	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541575
68	NC_017320	AAC	2	6	4291	4296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541575
69	NC_017320	GCC	2	6	4394	4399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541575
70	NC_017320	GAA	2	6	4880	4885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
71	NC_017320	TGAA	2	8	4921	4928	50 %	25 %	25 %	0 %	384541576
72	NC_017320	T	7	7	5075	5081	0 %	100 %	0 %	0 %	384541576
73	NC_017320	AGA	3	9	5108	5116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
74	NC_017320	GAA	2	6	5159	5164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
75	NC_017320	GAA	2	6	5315	5320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541577
76	NC_017320	CATG	2	8	5388	5395	25 %	25 %	25 %	25 %	384541577
77	NC_017320	GGT	2	6	5435	5440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541577
78	NC_017320	TTG	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541577
79	NC_017320	GCT	2	6	5626	5631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541578
80	NC_017320	T	6	6	5631	5636	0 %	100 %	0 %	0 %	384541578
81	NC_017320	TGCCA	2	10	5652	5661	20 %	20 %	20 %	40 %	384541578
82	NC_017320	TTG	2	6	5733	5738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
83	NC_017320	TTG	2	6	5834	5839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
84	NC_017320	T	7	7	5879	5885	0 %	100 %	0 %	0 %	384541578
85	NC_017320	GGT	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
86	NC_017320	TCT	2	6	6060	6065	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541579
87	NC_017320	T	7	7	6074	6080	0 %	100 %	0 %	0 %	384541579
88	NC_017320	A	6	6	6109	6114	100 %	0 %	0 %	0 %	384541579
89	NC_017320	GGT	2	6	6126	6131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
90	NC_017320	CAG	2	6	6182	6187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541579
91	NC_017320	CCA	2	6	6233	6238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
92	NC_017320	CAC	2	6	6256	6261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
93	NC_017320	GCT	2	6	6298	6303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541579
94	NC_017320	CCA	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
95	NC_017320	CCA	2	6	6573	6578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
96	NC_017320	G	6	6	6613	6618	0 %	0 %	100 %	0 %	384541580

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.